平安時代。謎の日食が続く京の都。
この異常現象を祓うべく、
陰陽師・安倍晴明（大沢たかお）が立ち上がる。
当代きっての歌人蝉丸（山本耕史）が見守る中、
月姫との婚礼を明日に控える盟友の
藤原兼家（古川雄大/村井良大）
と共に臨んだ御霊会で悲劇が起こった──。
渦巻く悲しみ、後悔、嫉妬の念……。

時は令和。千年の時を経て、
再び謎の長期日食に襲われる。
人々の心に棲みつく陰の気。
それを利用しようとする、
謎の存在・芦野道隆（田口トモロヲ）。
彼に傾倒する心理カウンセラー・河瀬景子（山本千尋）。
このままでは世界は闇に包まれてしまう。
この未曾有の危機を防ぐことができるのは、彼しかいない。
一千年の時を超え、平安を生きた晴明、
現世に顕現す──。
月姫と瓜二つの少女（長澤樹）も現れ、混沌に陥る世界で、
蝉丸の導きにより、
安倍晴明と藤原兼家の運命が再び交錯する。
北斗（松岡広大）、南斗（鈴木仁）ら式神たちの協力を得て、
晴明は繰り返される悲劇を食い止めることができるのか？